网站建设协议在特定条件下是可以修改的。根据《民法典》的相关规定，合同签订并生效后，合同的当事人可以通过协商一致来变更合同内容。这意味着，如果双方对于网站建设协议中的条款有修改的需求，他们必须达成一致意见，并且明确修改的内容。修改的过程应当是正式的，最好以书面形式确认，以确保双方权益并避免未来的纠纷。
在实际操作中，如果需要修改网站建设协议，应当遵循以下原则和步骤：
1. 协商一致：双方需就修改的具体内容进行讨论并达成共识。
2. 明确修改内容：修改的内容应当具体明确，避免产生歧义。
3. 书面形式：修改条款通常应以书面形式记录下来，可以是通过补充协议或修订原合同的方式。
4. 双方签字确认：修改后的协议或补充协议需要双方签字，以示正式同意修改。
5. 遵守法律与合同精神：修改内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不应违背合同的原始意图和公序良俗。
对于特定的细节，如网站名称在备案信息中的修改，虽然理论上在备案成功后通管局不会主动干涉，但若涉及新增备案或合同条款的变更，最好还是遵循正式的修改流程，并考虑其对合同整体效力和后续合作的影响。
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